Les Enfants de la mer débute comme une amourette de vacances sur fond d’intrigue fantastique : Ruka, exclue de son équipe de handball pour l’été, rencontre Umi, un jeune orphelin élevé par des dugongs et qui vit aujourd’hui dans l’aquarium municipal. Les pouvoirs étranges dont semblent être dotés le garçon et son frère Sora intriguent Ruka, qui les suit dans leur quête existentielle. Dans la première partie aux rebondissements attendus, le film fait déjà preuve d’une certaine maladresse (l’insistance symbolique sur tous les plans de coupes dévoilant la blessure au genou de Ruka, dont la redondance s’explique mal) et semble mettre en place des intrigues secondaires qu’il abandonne aussitôt (les relations familiales, les difficultés scolaires ou la crise d’adolescence de son héroïne, les réactions officielles et scientifiques à l’existence de ces hommes-sirènes, etc.).
Si la suite de l’intrigue explore des terrains moins familiers, elle s’encombre d’une dimension métaphysique un peu étouffante empruntant le ton de la fable. Les manquements de l’écriture se font encore plus flagrants à mesure que le discours mystique du film se brouille jusqu’à devenir complètement hermétique. Retombant dans les mêmes travers, le scénario multiplie les pistes et les sous-intrigues. Certaines sortent de nulle part, comme cette pierre magique arrivant au milieu de l’intrigue, et d’autres sont au contraire laissées de côté en cours de route (le fantôme de la mer, la mystérieuse « fête » sans cesse annoncée, etc.). Le film peine alors à trouver sa voie entre les exigences d’une dramaturgie classique, qu’il maintient jusqu’à une scène post-générique embarrassante, et une tentation plus expérimentale. C’est d’autant plus dommage que Les Enfants de la mer témoigne d’une beauté et d’une inventivité formelles bien réelles. Le passage d’un monde à l’autre, de la terre à la mer et à l’univers tout entier, témoigne d’une attention particulière aux détails (les gouttes d’eau qui deviennent des milliers de petits poissons) et d’une tentative pour le moins audacieuse de mettre en image l’origine de la vie.